El pueblo de Nercón, que en huilliche significa «entre lomas», fue una misión indígena fundada por los jesuitas durante la Colonia, que más tarde pasó a estar bajo la dirección de los Franciscanos de Ocopa. Un censo realizado en 1734 expone que en el pueblo vivían 32 familias indígenas y ninguna española, además de los sacerdotes presentes.

Existen registros que demuestran la existencia de una antigua capilla en la zona en 1866. La actual capilla de Nuestra Señora de Gracia de Nercón, fue construida entre 1879 y 1890 con la aprobación del Obispo de Castro.

El material predominante en esta edificación neorrománica de 40 mt. de largo por 15 de ancho, fue la madera de alerce y la de ciprés. La iglesia cuenta con una torre de 25 metros, visible desde una gran distancia.

En el interior del templo, se observan pilares que sostienen arcos de medio punto y una bóveda de la nave central con arco rebajado. Además, la iglesia cuenta con una valiosa imaginería, mobiliario y pinturas marmoladas que se conservan hasta hoy. La iglesia ha sido restaurada en distintas oportunidades, gracias a los aportes públicos y de organizaciones privadas.

En 1984, junto con otras 15 iglesias de la zona, fue declarada Monumento Histórico por constituir un sobresaliente exponente de la arquitectura tradicional religiosa de Chiloé. En el año 2000, la Unesco declaró a estas iglesias como Patrimonio de la Humanidad.